Dal mese di giugno 2002 è operativa SEA Handling, controllata da SEA, che fornisce servizi di handling alle compagnie aeree che vi si affidano: biglietteria, check-in, imbarco e sbarco dei passeggeri, carico e scarico dei bagagli, della merce e della posta, assistenza agli aeromobili per la pulizia e per l'attività necessarie durante la loro sosta. SEA Handling opera nel mercato liberalizzato dei servizi a terra. Le altre società controllate al 100% da SEA sono MLE (Malpensa Logistica Europa) che si dedica allo sviluppo e alla gestione della parte cargo e SEA Parking che gestisce i parcheggi di Linate e Malpensa.